マヤ(吉瀬美智子)に殺された敷村教授(神保悟志)のパソコンには､抗ウイルス剤の在りかを導くある手掛かりが残されていた｡藤丸(三浦春馬)は｢THIRD-i(サードアイ)｣の加納(松重豊)､南海(芦名星)らと共に､その手掛かりから山奥のコテージへとたどり着く｡そのコテージは昔､藤丸が家族とよく訪れていた思い出の場所で､最近は敷村教授が研究所として利用していた｡抗ウイルス剤を発見したのも束の間､コテージには､なぜかテロリストたちの姿が｡一方､サードアイでは裏切り者や感染者を出した責任を問われ､霧島(吉沢悠)が指揮官から外される｡新たに指揮を執る事になった鎌田(斎藤歩)のやり方に困惑するサードアイ一同｡そんな中､拘置所で怪しい動きを見せていた謎の男･神島紫門(嶋田久作)とテロリスト集団との意外な関係が明らかになり･･･｡
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