ついに姿を現したテロリスト教団の首謀者｢K｣の正体はなんと､藤丸(三浦春馬)と同じ新聞部の同級生･真子(徳永えり)だった｡真子は自分を助けにきた藤丸に対し､ためらいもなく銃口を向ける｡そして撃ち放った銃弾は藤丸をかばった竜之介(田中哲司)の胸へと突き刺さる｡｢K｣とマヤ(吉瀬美智子)はその場を逃げ出し､藤丸と竜之介は駆け付けた｢THIRD-i(サード･アイ)｣によって保護される｡テロリスト教団は､｢宝石箱を開ける｣という最後の切り札であり真の目的へ向けて動き出す｡｢宝石箱｣とは一体･･･｡複雑に絡み合っていた人間関係の謎が明かされていく中､藤丸は｢K｣の計画を阻止するべく奔走する｡刻一刻と過ぎていくタイムリミット､天才高校生ハッカーvsテロリスト､最後の決戦の行方は･･･!?
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